Il microbiota umano è l'insieme di trilioni di microorganismi, un numero ben più alto di quello delle cellule dell'organismo umano con il quale convivono senza danneggiarlo e riguarda il grosso intestino, altre porzioni dell’apparato digestivo, apparato genitale, occhi e orecchio, pelle ecc. Il termine microbiota indica l'insieme di microrganismi mentre con microbioma si fa riferimento al patrimonio genetico del microbiota. Oggi si ritiene che il microbioma nell’uomo comprenda dai i cinquecento ai dieci milioni di differenti specie di microorganismi, i più numerosi dei quali sono batteri e in misura inferiore anche miceti e virus, con un numero di geni stimato essere cento volte quello del genoma umano. L’acquisizione dei microbioti di ogni individuo avviene per due vie. Per via verticale il neonato acquisisce i di microbi direttamente dai genitori e soprattutto dalla madre già quando esce attraverso il canale del parto. Per via orizzontale, da conspecifici non parentali, dall’ambiente e con l’alimentazione si acquisiscono i microrganismi che formeranno i diversi microbioti e per questo ogni individuo e ogni gruppo umano possiede un suo microbiota, anche se esiste un piccolo numero di specie microbiche condiviso da tutti gli uomini, costituendo un nucleo filogenetico con variazioni che sono oggetto di studio anche in relazione allo stato di benessere e salute.
Considerando il microbiota umano del grosso intestino, il più studiato fino ad ora, si costata che vi sono variazioni tra gli individui e nel corso della loro vita e che vi sono differenze tra i microbioti delle popolazioni dei paesi industriali occidentali rispetto alle popolazioni remote e non industrializzate come i malawiani o il popolo Guahibo e Yanomani dell'Amazzonia. I microbioti dei popoli occidentali rispetto a quelli dei popoli non occidentali hanno un numero di specie microbiche minore dimostrando che i cambiamenti tecnologici, culturali e alimentari che accompagnano l'industrializzazione fanno temere una "scomparsa del microbiota.” (Andrew Moeller - The shrinking human gut microbiome – Curr. Opin. Microbiol, 38, 30-35, 2017). Inoltre i microbioti dei popoli occidentali sopportano una maggiore quantità di battericidi (antibiotici) dimostrando un’evoluzione nella loro composizione. Non esiste quindi un singolo "microbiota umano" anche perché è influenzato dalle diete umane che variano fortemente nelle diverse culture. L’elevata presenza della fibra e la scarsa presenza di zuccheri, grassi e carne nelle diete non occidentali sono alla base della ricchezza batterica dei microbioti, mentre nelle popolazioni occidentali le diete scarse di fibra alimentare e soprattutto gli elevati livelli igienici unitamente alla scomparsa di parassiti e all’uso di antibiotici fin dai primi anni di vita contribuiscono a una semplificazione dei microbioti. Non è infine da sottovalutare il ruolo che sulla composizione dei microbiomi umani possono avere le migrazioni di popolazioni anche con i loro costumi alimentari.
La nostra specie è il frutto di una lunga evoluzione e anche i microbioti sono soggetti a forze evolutive e già in epoca preistorica i microbioti differiscono secondo la dieta e quello delle popolazioni umane che oggi mangiano carne assomigliano molto a quelli delle popolazioni di cacciatori-raccoglitori, mentre i microbioti dei vegetariani assomigliano a quelli degli scimpanzé, (Emily R. Davenport, Jon G. Sanders, Se Jin Song, Katherine R. Amato, Andrew G. Clark, Rob Knight - The human microbiome in evolution - BMC Biol., 15, 127, 2017). Altri elementi distintivi dell'evoluzione umana e della nostra storia responsabili dei cambiamenti di semplificazione e di diversa composizione nei microbioti umani sono la cottura dei cibi soprattutto vegetali, l'avvento dell'agricoltura, il moltiplicarsi dei contati tra popolazioni diverse, l’aumento delle dimensioni della popolazione e della sua densità soprattutto nei villaggi e nelle città, l’uso di antimicrobici e soprattutto di antibiotici.
Nei paesi occidentali e industrializzati un’evoluzione dei microbioti sta andando verso a una riduzione e soprattutto a una semplifica-zione dei microbioti con una diminuzione della loro biodiversità e con l’insorgenza di disbiosi (alterazioni della flora microbica con prevalenza di microrganismi con azione aggressiva) e fa presagire pericoli perché le interazioni ospite-microbioma possono influire sulla salute e sulla for-ma fisica, tra cui obesità, asma e alcuni tumori. Nella complessa struttura evolutiva dei microbioti è facile comprendere gli scarsi risultati delle somministrazioni di “innesti” di singoli stipiti microbiologici in microbioti fortemente condizionati dal tipo di alimentazione. Anche per il microbiota umano quindi è necessario un approccio globale di medicina evolutiva per meglio conoscere i meccanismi alla base della disbiosi per meglio sfruttare il potenziale del microbiota per migliorare la salute umana e soprattutto il microbiota umano deve essere considerato un patrimonio da tutelare e da migliorare rendendolo sempre più “umano” anche con il ricupero di microrganismi perduti e che probabilmente possono essere ricuperati nelle popolazioni umane dei paesi non industrializzati.