Le diverse sensazioni e le differenti risposte che le singole persone hanno di fronte agli stessi cibi è rimasta a lungo inspiegata fino a quando non si è scoperto il ruolo degli enzimi digestivi e di fenomeni di allergia che oggi permettono di dare una spiegazione e fornire mezzi d’intervento per l’intolleranza al lattosio del latte e alla celiachia. Molti sono ancora i fenomeni oscuri delle intolleranze alimentari e soprattutto delle differenti risposte che singole persone hanno di fronte agli stessi cibi e per le quali s’inizia a vedere una spiegazione considerando il ruolo del microbiota digestivo. La microflora dell’apparato digerente, soprattutto del grosso intestino, è formata da un insieme di batteri, lieviti, virus e altri microrganismi noto come microbiota. La storia dell'influenza del microbiota gastrointestinale sul funzionamento metabolico dell'organismo inizia in medicina veterinaria negli anni cinquanta del secolo scorso, mentre recente è in medicina umana e oggi il termine microbiota si associa a quello di microbioma (la somma di informazioni genetiche microbiotiche) con circa quarantamila citazioni nelle banche dati biomediche.
La formazione del microbiota inizia durante lo sviluppo embrionale, aumenta dopo la nascita e generalmente si stabilizza tra il secondo e il terzo anno di vita. Le persone hanno composizioni microbiotiche molto differenti, e all'interno di un individuo la composizione è abbastanza stabile. Il microbiota ha una composizione che comprende batteri, protozoi e virus e svolge un ruolo chiave nel metabolizzare i composti che attraversano il tratto gastrointestinale, comprese le particelle di cibo, i farmaci e le tossine dall'ambiente esterno, così come i composti espulsi nel tratto gastrointestinale come gli acidi biliari. Il microbiota influenza la digestione, scinde i complessi saccaridi, produce acidi grassi a catena corta, supporta la disintossicazione, sintetizza varie vitamine, interviene nei meccanismi immunitari, fa parte dei sistemi di difesa contro i patogeni, regola la differenziazione delle cellule epiteliali e ha effetti indiretti sul sistema nervoso centrale, influenzando percezioni come il gusto, l'umore e il comportamento producendo anche una vasta serie di enzimi importanti nel metabolismo degli steroidi. Alcune vie metaboliche, ad esempio gli ormoni steroidei nel microbiota, sono simili o uguali a quelle dell'ospite, mentre altre sono specifiche e determinate dalla composizione microbica. Anche gli ormoni prodotti dagli esseri umani sono metabolicamente trasformati dalla microflora e possono quindi avere un'attività diversa dall'ormone originale, tanto che il microbiota intestinale è stato addirittura definito un nuovo organo endocrino. Il microbiota con la sua variabilità, fino i due terzi di questa microflora digestiva differisce tra i singoli individui, è oggi ritenuto responsabile di molte diversità nei processi metabolici, ormonali e immunologici, come stanno dimostrando le significative differenze che vi sono nel metabolismo dei fitoestrogeni presenti negli alimenti vegetali.
I fitoestrogeni sono molecole con attività di tipo ormonale di tipo estrogenico o anti-estrogenico presenti in diversi vegetali, prevalentemente nei legumi e specialmente nella soia e in molti prodotti a base di soia. Con l'espansione mondiale dei prodotti a base di soia come parte di particolari stili di vita tra cui vegetarismo e veganismo, i fitoestrogeni sono diventati una parte normale della vita di tutti i giorni, oltre a essere usati come terapia alternativa per i disturbi della menopausa e l'iperplasia prostatica benigna, ma con attività variabili che oggi sono attribuite al microbiota, come ritengono ad esempio L. Kolátorová, O. Lapčík, L. Stárka (Phytoestrogens and the Intestinal Microbiome - Physiol. Res. 67 (Suppl. 3), pag. S401-S408, 2018). Infatti il microbiota interviene a modificare i composti alimentari e gli xenobiotici con prodotti che possono includere composti con carattere ormonale, mentre gli ormoni prodotti dagli esseri umani sono metabolicamente trasformati dalla microflora e possono quindi avere un'attività diversa dall'ormone originale. Inoltre diverse ricerche dimostrano che l'attività metabolica del microbiota intestinale trasforma isoflavoni, lignani e altri composti fenolici presenti nelle piante sotto forma di glicosidi in composti con attività estrogenica.
Fitoestrogeni di rilevanza pratica sono la genisteina, la daidzeina e il suo metabolita S-equol, e in una certa misura anche il coumestrolo. Inoltre, bisogna tenere conto di quei composti che si trasformano in isoflavoni estrogenicamente attivi attraverso il loro stesso metabolismo e per azione del microbiota intestinale che riguarda principalmente vari tipi di glicosidi e metossiderivati (formononeti-na, biocianina). Il microbiota intestinale è quasi la fonte esclusiva della produzio-ne del fortemente attivo fitoestrogeno S-equol e influisce in modo significativo su diverse trasformazioni metaboliche di vari fitoestrogeni e a seconda della sua composizione per cui i precursori meno efficaci possono o meno essere trasformati in metaboliti attivi. Per questo motivo le donne che usano i fitoestrogeni per i sintomi della menopausa e gli uomini che li impiegano per le difficoltà del tratto urinario possono avere risultati diversi in rapporto al loro microbiota digestivo che può produrre metaboliti con una maggiore attività estrogenica rispetto alle sostanze naturali stesse. Per questo, a causa della variabilità dei microbiomi, vi sono grandi differenze negli effetti dei fitoestrogeni nei singoli individui.