La disponibilità di nuove tecnologie di genetica molecolare ha permesso un forte sviluppo della genomica come disciplina scientifica risultante dalla convergenza di genetica, biologia molecolare e bioinformatica. In particolare l’applicazione di questi nuovi e potenti strumenti di ricerca e di studio alla zootecnia e la loro continua innovazione ha messo a disposizione una enorme mole di informazioni sulle sequenze dei genomi della maggior parte delle specie allevate e numerosi geni e marcatori associati con la variabilità fenotipica di caratteri di interesse zootecnico. E’ stato portato a termine per quasi tutte le specie di interesse zootecnico il sequenziamento completo del genoma. La conoscenza del genoma rappresenta lo strumento più importante per introdurre rilevanti innovazioni nel campo del miglioramento genetico. I progressi scientifici nell’ambito della genomica riguardano sia la genomica strutturale che la genomica funzionale. Sono noti diversi polimorfismi del DNA determinati dalla sostituzione di una base con un’altra, che sono responsabili di variazioni a livello del fenotipo per caratteri importanti quali la qualità della carne ( gene RYR1 e PRKAG3 nei suini), la percentuale di grasso nel latte bovino (gene DGAT1), il carattere doppia – coscia nei bovini da carne (gene Miostatina). Inoltre sono state identificate molte regioni del genoma chiamate regioni QTL (Quantitative trait loci) che contengono geni in grado di controllare caratteri produttivi e riproduttivi e le caratteristiche qualitative della
carne e del
latte.